O los chrześcijan w Kosowie upomniał się Aleksy II. W wywiadzie upowszechnionym w Belgradzie patriarcha Moskwy i Wszechrusi zaapelował do sumień chrześcijan Zachodu w sprawie ratowania dziedzictwa religijnego tego spornego regionu byłej Jugosławii. Przypomniał, że w Kosowie 150 obiektów sakralnych, przeważnie prawosławnych, zostało w barbarzyński sposób zburzonych bądź zdewastowanych przez albańską większość. Patriarcha oskarżył wspólnotę międzynarodową o stosowanie podwójnej miary w podchodzeniu do agresywnej polityki w tym regionie. Jego zdaniem doprowadzi to nieuchronnie do wyparcia z Kosowa ludności serbskiej.